Publications sur les Aptamères
NeoVentures est dédié à aider nos clients à la fois dans la publication de leurs articles et dans la protection de leur propriété intellectuelle grâce à la protection par brevet. Notre entreprise propose une gamme complète de services méticuleusement conçus pour renforcer les activités de recherche de nos clients.
Votre succès en recherche est notre priorité, souligné par notre engagement à aider à la publication d'articles et à renforcer votre propriété intellectuelle grâce à des mesures de brevet stratégiques.
Articles
A new method for the reproducible development of aptamers (Neomers). Meehan C, Hamilton EL, Mansour CG, Lecocq S, Drake CJ, Rodrigues E, Penner G (2024) PLoS One.
Résumé
The development of aptamers has been almost exclusively performed based on the SELEX method since their inception. While this method represents a powerful means of harnessing the in vitro evolution of sequences that bind to a given target, there are significant constraints in the design. The most significant constraint has been the reliance on counter selection on off-targets to drive specificity. Counter selection has not been as effective at driving aptamer specificity as the presence of immune tolerance, the capacity of the immune system to remove antibodies that bind to host targets, is for antibody development. This deficiency has constrained the commercial efficacy of aptamers to date. These limitations have been addressed with our design of a novel platform for aptamer identification. This new design is based on what we refer to as a Neomer library with sixteen random nucleotides interspersed with fixed sequences. The fixed sequences are designed to minimize the potential for hybridization, such that secondary structure is driven by the random nucleotides. The use of sixteen random nucleotides reduces the possible library sequences to 4.29 × 109. This enables the application of the same sequences to either the same target or different targets while maintaining a high level of structural diversity. In effect, this introduces the capacity for reproducibility in aptamer selection and an in-silico approach to replicating immune tolerance. We provide here an overview of the new method and a description of the performance of aptamers selected for interleukin 6 developed using this approach.
A reproducible approach for the use of aptamer libraries for the identification of Aptamarkers for brain amyloid deposition based on plasma analysis. Meehan C, Lecocq S, Penner G (2024) PLoS One.
Résumé
An approach for the agnostic identification and validation of aptamers for the prediction of a medical state from plasma analysis is presented in application to a key risk factor for Alzheimer’s disease. brain amyloid deposition. This method involved the use of a newly designed aptamer library with sixteen random nucleotides interspersed with fixed sequences called a Neomer library. The Neomer library approach enables the direct application of the same starting library on multiple plasma samples, without the requirement for pre-enrichment associated with the traditional approach. Eight aptamers were identified as a result of the selection process and screened across 390 plasma samples by qPCR assay. Results were analysed using multiple machine learning algorithms from the Scikit-learn package along with clinical variables including cognitive status, age and sex to create predictive models. An Extra Trees Classifier model provided the highest predictive power. The Neomer approach resulted in a sensitivity of 0.88. specificity of 0.76. and AUC of 0.79. The only clinical variables that were included in the model were age and sex. We conclude that the Neomer approach represents a clear improvement for the agnostic identification of aptamers (Aptamarkers) that bind to unknown biomarkers of a medical state.
Développement de nouveaux aptamères pour la quantification des particules de lipoprotéines de faible densité. Klapak D, Broadfoot S, Penner G, Singh A, Inapuri E (2018) PLoS ONE.
Résumé
Les maladies cardiovasculaires (MCV) restent la principale cause de décès dans le monde. Le cholestérol des lipoprotéines de basse densité (LDL-C) est couramment utilisé pour l'évaluation du risque de MCV ; cependant, des recherches récentes ont montré que le nombre de particules de LDL (LDL-P) est un indicateur plus sensible du risque de MCV que le LDL-C et le cholestérol des lipoprotéines non-hautement densité (HDL-C). Nous décrivons ici cinq aptamères d'ADN monocaténaire avec des constantes de dissociation dans la plage des picomoles spécifiques au LDL-P et à ses sous-fractions. De plus, un ensemble de séquences antisens a été développé et caractérisé, capable de se lier aux meilleurs aptamères et de subir un déplacement par le LDL-P pour une utilisation dans un test de diagnostic simple et abordable.
Les aptamères en tant que biomarqueurs pour les troubles neurologiques. Preuve de concept chez les souris transgéniques.. Lecocq S, Spinella K, Dubois B, Lista S, Hampel H, Penner G (2018) PloS One.
Résumé
Le processus de sélection d'aptamères contre le sérum sanguin conduit à des bibliothèques profondes de séquences oligonucléotidiques se liant à différentes épitopes dans le sang. Dans cette étude, nous avons développé une bibliothèque d'aptamères enrichie en effectuant une sélection positive contre un pool d'échantillons de sérum sanguin de souris transgéniques (P301S) portant le gène humain tau et une sélection négative contre un pool de sérum sanguin de souris ségrégante négative (sauvage). Nous avons démontré qu'une grande proportion des séquences d'aptamères observées avec l'analyse de séquence de nouvelle génération (NGS) étaient les mêmes des cycles de sélection 5 et 6. Dans une deuxième étape, nous avons appliqué des aliquotes de la bibliothèque enrichie du cycle de sélection 5 au sérum sanguin de 16 souris individuelles pour un seul cycle de sélection. Chacune de ces bibliothèques individuelles a été caractérisée par une analyse NGS et les changements de fréquence relative des aptamères chez les souris transgéniques par rapport aux souris sauvages ont été utilisés pour construire une empreinte diagnostique de l'effet de l'action du gène transgénique sur la composition du sérum sanguin. Cette étude sert de modèle pour des applications similaires avec des sujets humains.
Aptamères améliorés pour le diagnostic et le traitement potentiel du cancer HER2-positif. Gijs, Gregory Penner , Garth B. Blackler , Nathalie R.E.N. Impens, Sarah Baatout , André Luxen and An M. Aerts, Pharmaceuticals 2016, 9, 29;
Résumé
Les aptamères fournissent une source potentielle de molécules de ciblage alternatives pour les diagnostics et les thérapies existantes basées sur les anticorps. Dans ce travail, nous avons sélectionné de nouveaux aptamères d'ADN ciblant le récepteur HER2 par une approche SELEX sur cellules entières adhérentes. Des aptamères individuels ont été identifiés par séquençage de nouvelle génération et analyse bioinformatique. Deux aptamères, HeA2_1 et HeA2_3, ont montré une liaison à la protéine HER2 avec des affinités dans la plage des nanomoles. De plus, les deux aptamères étaient capables de se lier avec une grande spécificité aux cellules surexprimant HER2 et aux échantillons de tissus tumoraux HER2-positifs. De plus, nous avons démontré que l'aptamère HeA2_3 était internalisé dans les cellules cancéreuses et avait un effet inhibiteur sur la croissance et la viabilité des cellules cancéreuses. En fin de compte, nous avons sélectionné de nouveaux aptamères d'ADN avec un grand potentiel pour le diagnostic et le traitement éventuel du cancer HER2-positif.
Selection, activity, and nuclease stabilization of cross-neutralizing DNA aptamers targeting HSV-1 and HSV-2. Schump MD, Bernstein DI, Bravo FJ, Neff CP., Virology. 2024; 589.
Résumé
Cross-neutralizing aptamers targeting both HSV-1 and HSV-2 were developed by selecting against the ectodo mains of glycoprotein D (gD) from both viruses in parallel as well as sequentially using the SELEX method. Since gD facilitates viral invasion, sterically blocking the host-receptor interaction prevents infection. Candidate aptamers were screened, and lead aptamers were identified that exhibited exceptional neutralizing activity against both viruses in vitro. The specificity of the aptamers was confirmed by comparing their activity to scrambled versions of themselves. Modifications of the lead compounds were tested to define critical motifs to guide development. Stability of the aptamers was increased using phosphorothioate backbone linkages, and 2’methoxy substitutions of terminal and key internal bases. Aptamers were applied in a guinea pig vaginal HSV-2 infection model and found to reduce both the viral load of infected animals and the severity of the resulting disease. These results suggest that cross-neutralizing aptamers can be developed into on-demand antiviral inerventions effective against both HSV-1 and HSV-2.
Détermination de l'ochratoxine A avec un aptamère d'ADN. Cruz-Aguado JA, Penner G.,J Agric Food Chem. 2008 Nov 26;56(22):10456-61
Résumé
Ce travail décrit l'identification d'un aptamère qui se lie avec une grande affinité et spécificité à l'ochratoxine A (OTA), une mycotoxine présente dans le blé et d'autres produits alimentaires, ainsi qu'une méthode de détection quantitative de l'OTA basée sur l'utilisation de cet aptamère. Les aptamères sont des oligonucléotides monocaténaires sélectionnés in vitro pour se lier à des cibles moléculaires. L'aptamère sélectionné dans ce travail a présenté une constante de dissociation dans la plage des nanomoles et ne s'est pas lié à des composés ayant des structures similaires à l'OTA tels que la N-acétylphénylalanine ou la warfarine. L'aptamère s'est lié avec une affinité 100 fois moins importante à l'ochratoxine B. Les aptamères sélectionnés pourraient être utilisés pour la détermination de quantités de l'OTA de l'ordre du ppb dans des échantillons de blé naturellement contaminés. Des travaux ultérieurs sont en cours pour élargir l'application démontrée ici avec le développement de capteurs, de colonnes d'affinité et d'autres systèmes analytiques pour la détermination de cette toxine dans les aliments et les produits agricoles sur le terrain et en laboratoire.
Un test de déplacement basé sur la polarisation de fluorescence pour la détermination de petites molécules avec des aptamères. Cruz-Aguado JA, Penner G.Anal Chem. 2008 Nov 15;80(22):8853-5
Résumé
La conversion d'un événement de liaison aptamère-cible en un signal détectable est une étape importante dans le développement de capteurs basés sur les aptamères. Dans ce travail, nous montrons que le déplacement d'un oligonucléotide marqué par fluorescence de l'aptamère par la cible peut être détecté par la polarisation de fluorescence (FP). Nous avons utilisé l'ochratoxine A (OTA), une petite molécule organique (MW = 403), comme cas d'étude. Une limite de détection de 5 nM OTA a été atteinte. La méthode présentée ici présente un avantage par rapport aux systèmes de fluorescence par extinction du fluorophore et à d'autres approches de fluorescence à l'état stable en ce sens qu'aucune modification de l'aptamère ou de la cible n'est nécessaire. De plus, le signal est produit par l'événement de déplacement lui-même, de sorte qu'aucune autre agrégation ou événement de conformation n'a à être pris en compte. Cette méthode analytique est particulièrement utile pour les petites cibles, car pour les grandes cibles, une mesure directe du changement de polarisation de fluorescence (FP) d'un aptamère marqué lors de la liaison peut être utilisée pour déterminer la concentration de la cible. Les résultats présentés ici démontrent que les aptamères et les oligonucléotides marqués à faible coût peuvent être utilisés pour la détermination rapide, sensible et spécifique de petites molécules par la FP.
Détection des cellules du cancer du sein en utilisant un aptasenseur acoustique spécifique aux récepteurs HER2. Biosensors2019, 9(2), 72
Résumé
La détection des cellules du cancer du sein est importante pour le diagnostic précoce du cancer. Nous avons utilisé la méthode de l'acoustique en mode de cisaillement d'épaisseur (TSM) pour la détection des cellules du cancer du sein SK-BR-3 en utilisant des aptamères d'ADN spécifiques aux récepteurs de membrane positifs HER2. Les aptamères biotinylés ont été immobilisés sur la couche de neutravidine chimisorbée sur la surface en or du transducteur TSM. L'ajout des cellules a entraîné une diminution de la fréquence de résonance, fs, et une augmentation de la résistance motrice, RmEn utilisant des nanoparticules d'or (AuNPs) modifiées par des aptamères, il a été possible d'améliorer la limite de détection (LOD) qui a atteint 550 cellules/mL, tandis qu'avec l'amplification, la sensibilité de la détection des cellules SK-BR-3 était de 1574 cellules/mL. La ligne cellulaire négative pour HER2, MDA-MB-231, n'a pas entraîné de changements significatifs de fsLes études de viabilité ont démontré que les cellules sont stables dans les conditions expérimentales utilisées pendant au moins 8 heures. Les nanoparticules d'or (AuNPs) n'étaient pas toxiques pour les cellules jusqu'à une concentration de 1 μg/mL.
INSIGHT-preAD study group et Alzheimer Precision Medicine Initiative (APMI). Penner, G., Lecocq, S., Chopin, A., Vedoya, X., Lista, S., Vergallo, A., Cavedo, E., Lejeune, F. X., Dubois, B., Hampel, H., (2021).
Prédiction de l'état de l'amyloïde-β cérébral par Aptamarker chez des individus cognitivement normaux à risque de la maladie d'Alzheimer. PloS one, 16(1), e0243902
Diagnostics de la maladie d'Alzheimer basés sur le sang. Expert review of molecular diagnostics, 19(7), 613–621. Penner, G., Lecocq, S., Chopin, A., Vedoya, X., Lista, S., Vergallo, A., Lejeune, F. X., & Hampel, H. (2019).
Les aptamères en tant que biomarqueurs pour les troubles neurologiques. Preuve de concept chez les souris transgéniques. PloS one, 13(1), e0190212. Lecocq, S., Spinella, K., Dubois, B., Lista, S., Hampel, H., & Penner, G. (2018).
Développement de nouveaux aptamères pour la quantification des particules de lipoprotéines de faible densité. PloS one, 13(10), e0205460. Klapak, D., Broadfoot, S., Penner, G., Singh, A., & Inapuri, E. (2018).
Aptamères améliorés pour le diagnostic et le traitement potentiel du cancer HER2-positif. Pharmaceuticals (Basel, Switzerland), 9(2), 29. Gijs, M., Penner, G., Blackler, G. B., Impens, N. R., Baatout, S., Luxen, A., & Aerts, A. M. (2016).
Détermination de l'ochratoxine A avec un aptamère d'ADN. Journal of agricultural and food chemistry, 56(22), 10456–10461. Cruz-Aguado, J. A., & Penner, G. (2008).
Brevets
Penner, G. (2023). Une méthode de sélection reproductible d'aptamères utilisée pour identifier des aptamères qui se lient à des biomarqueurs inconnus.. (WO/2023/137558).
Penner, G. (2023). Une méthode de sélection reproductible d'aptamères utilisant des espaces de solutions de séquence fermés. (WO/2023/137559).
Mousses, S., Azorsa, D., Feldheim, D. Heil, J., Tran, N., Penner, G. (2023). Compositions pour inhiber la croissance de cellules ciblées. (WO/2022/235971).
Mousses, S., Azorsa, D., Feldheim, D. Heil, J., Tran, N., Penner, G. (2023). Compositions d'immunothérapie à ARN multitargeting. (WO/2022/235957).
Mousses, S., Azorsa, D., Feldheim, D. Heil, J., Tran, N., Penner, G. (2023). Constructions d'ARNsi pour inhiber l'expression génique dans les cellules cancéreuses ciblées. (WO/2022/235975).
Velasquez, J.E., Rupard, S.C., Trejo, A.V., Pitz, A.M., Schmeichel, K.L, Swigart, E.N., Penner, G., et. al. (2023). Aptamères pour des applications en santé. (WO/2023/114800).
Velasquez, J.E., Rupard, S.C., Trejo, A.V., Pitz, A.M., Schmeichel, K.L, Swigart, E.N., Penner, G., et. al. (2023). Aptamères pour les applications en soins de santé.. (WO/2023/114801).
Velasquez, J.E., Rupard, S.C., Trejo, A.V., Pitz, A.M., Schmeichel, K.L, Swigart, E.N., Penner, G., et. al. (2023). Aptamères pour les applications en soins de santé.. (WO/2023/114802).
Shannon, R.J., Penner, G. (2022). Aptamères contre Clostridium difficile, compositions comprenant des aptamères contre Clostridium difficile et méthodes d'utilisation de ceux-ci. (WO/2022/120004).
Inapuri, E., Singh, A. Penner, G. (2022). Aptamères pour mesurer les niveaux de lipoprotéines.. (WO/2019/010341).
Shannon, R.J., Penner, G. (2021). Aptamères contre le SARS-CoV-2, compositions comprenant des aptamères contre le SARS-CoV-2 et méthodes d'utilisation de ceux-ci.. (WO/2021/202440).
Penner, G. (2021). Méthode de sélection d'aptamères pour des cibles non liées.. (WO/2017/035666).
Penner, G. (2020). Détection précoce du précurseur de la maladie d'Alzheimer.. (WO/2020/079248).
Velasquez, J.E., Trejo, A.V., Marsh, J.M., Penner, G. (2020). Aptamères pour des applications de soins capillaires.. (WO/2020/005325).
Velasquez, J.E., Trejo, A.V., Penner, G., Jones, S.D. (2020). Aptamères pour des applications de contrôle des odeurs.. (WO/2020/214784).
Velasquez, J.E., Trejo, A.V., Sagel, P.A., Penner, G. (2019). Aptamères pour des applications de soins buccaux. (WO/2019/032795A1).
Penner, G. (2012). Une méthode pour la sélection de ligands d'ADN pour une cible moléculaire.. (WO/2012/113072).
Cruz-Aguado, J.A., Penner, G. (2011). Une méthode et un appareil pour la détermination de la concentration d'un analyte par écoulement latéral. (WO/2011/032278).
Cruz-Aguado, J.A., Penner, G. (2011). Méthode pour déterminer la présence et la concentration d'analytes en utilisant un ligand d'acide nucléique et un élément des terres rares.. (WO/2011/014945).
Penner, G., Cruz, J.A. (2009). Méthode de détection des mycotoxines. (WO/2009/086621).
French 
English 
Spanish