Questions fréquemment posées
Les aptamères sont des oligonucléotides d'ARN ou d'ADN qui se lient à des molécules cibles spécifiques avec une grande affinité et spécificité. La liaison des aptamères à de telles cibles est basée sur le même mode d'action que les anticorps, principalement les forces de Van der Waals et les liaisons hydrogène. La seule différence est que ce sont les nucléotides qui sont impliqués dans ces liaisons, au lieu des acides aminés. Ils ont des affinités similaires à celles des anticorps pour leurs cibles et présentent plusieurs avantages, notamment une plus grande stabilité, une production à grande échelle plus facile, une faible immunogénicité et la capacité à cibler des molécules à faible antigénicité. Comme les anticorps, les aptamères ont une large gamme d'applications, servant de médicaments, d'outils de diagnostic et de thérapie, de réactifs analytiques et de molécules de bio-imagerie.
La conception classique d'une bibliothèque d'aptamères est présentée dans la figure suivante.
Il y a une séquence aléatoire généralement composée de 40 nucléotides (nt) qui est flanquée de deux séquences de reconnaissance d'amorces PCR. Deux facteurs permettent aux aptamères de fonctionner : premièrement, il s'agit d'un oligonucléotide simple brin. Cela signifie que chaque séquence souhaite former autant de liaisons double brin que possible. Chaque séquence se repliera sur elle-même dans les régions d'homologie (A se liant à T et G se liant à C) autant que possible. Le deuxième facteur qui permet aux aptamères de fonctionner est la présence d'une région aléatoire. Lorsqu'une bibliothèque d'aptamères est synthétisée, il y a une probabilité égale pour chaque nucléotide à chaque position de la région aléatoire. Chaque séquence différente se repliera différemment, formant ainsi une forme différente et présentant ainsi un potentiel de liaison à différentes molécules. Le défi de la sélection des aptamères est de trouver les séquences qui se lient à votre molécule cible.
SELEX est le processus par lequel les aptamères qui se lient à une cible sont sélectionnés à partir d'une bibliothèque de séquences aléatoires. Le processus implique d'exposer une bibliothèque aléatoire à la cible immobilisée, de séparer les aptamères liés des non liés, d'amplifier par PCR les aptamères liés, et de répéter le processus. Ce processus est répété jusqu'à ce que les aptamères souhaités dominent la bibliothèque de sélection.
La principale contrainte avec SELEX est la nécessité d'immobiliser la cible afin de séparer les aptamères liés des non liés. Cela pose un problème avec les petites molécules car l'immobilisation modifie à la fois la structure de la molécule et élimine un groupe de charge de la sélection pour la liaison. FRELEX surmonte cette contrainte en permettant la séparation des aptamères liés des non liés à l'état libre. Learn more about the advantages of FRELEX here
D'après les données, un aptamère en ADN fonctionne aussi bien qu'un aptamère en ARN. La théorie est que les aptamères en ARN sont plus flexibles, et il a été réalisé un travail considérable avec les séquences en ARN pour modéliser les structures tertiaires. Cependant, nous en sommes qu'au début en ce qui concerne les structures tertiaires que peuvent former les molécules d'ADN simple brin. Les structures en tétramère G (G-quartets) font d'excellents aptamères avec des affinités de liaison similaires à celles des aptamères en ARN. Pour des applications de diagnostic, un aptamère en ARN vous coûtera plus cher à synthétiser commercialement et aura une durée de conservation plus courte qu'un produit basé sur des anticorps. Un aptamère en ADN naturel aura une durée de conservation d'un an à température ambiante. Pour des applications thérapeutiques, il est nécessaire d'utiliser des nucléotides modifiés pour incorporer une résistance aux nucléases. Les enzymes utilisées pour traiter l'ARN (ARN polymérases et transcriptase inverse) fonctionnent beaucoup mieux avec ces nucléotides modifiés que la polymérase d'ADN ne fonctionne avec des nucléotides d'ADN modifiés. Pour cette raison, nous utilisons de l'ARN modifié pour les applications thérapeutiques.
Pour les applications de diagnostic, il n'existe actuellement aucune donnée démontrant que l'utilisation de nucléotides modifiés entraîne une affinité de liaison inférieure à ce qui est possible avec des nucléotides naturels. Notre utilisation du séquençage de nouvelle génération dans le processus de découverte nous permet d'identifier les meilleures séquences de nucléotides naturels disponibles. Si vous envisagez sérieusement de développer une plateforme de diagnostic commerciale avec l'aptamère que vous développez, vous devez tenir compte du coût de production. Avec des nucléotides naturels, vous aurez un coût de synthèse plus bas et vous aurez la liberté de faire synthétiser votre aptamère par n'importe qui sans redevance. Pour les applications thérapeutiques, vous devez utiliser des nucléotides modifiés à toutes les positions dans le processus de sélection, ce qui entraînera des coûts de synthèse plus bas pour votre aptamère commercial final que avec un mélange de nucléotides, et fournira le niveau de protection nécessaire contre les nucléases. Vous devrez également ajouter de la masse à l'aptamère pour éviter qu'il ne soit évacué trop rapidement du corps.
Tout ce qu'un anticorps peut faire, un aptamère peut le faire. Les aptamères peuvent être appliqués à un éventail de cibles plus large que les anticorps. Nous développons des aptamères pour des cibles trop grandes pour les anticorps, comme les protéines membranaires in situ à l'intérieur des cellules, et des cibles trop petites pour les anticorps. Il est également possible de développer des aptamères pour des cibles trop toxiques pour la production d'anticorps, où l'injection de la molécule cible tuerait l'animal dans lequel elle est injectée. Apprenez-en davantage ici.
La constante de dissociation (kD) est une mesure de la force de liaison entre l'aptamère et la cible. Une faible valeur de la constante de dissociation signifie qu'une faible concentration d'aptamère et de cible est nécessaire pour que la liaison se produise, ce qui indique une grande affinité ou une grande force de liaison. KD = kd/ka, ou koff/kon. Dans les applications de diagnostic, plus la valeur de koff est faible, mieux c'est, car cela signifie que votre complexe restera ensemble lors des étapes de lavage.
- Soluble dans des solutions aqueuses : De nombreuses petites molécules et peptides ne sont tout simplement pas très solubles dans des solutions aqueuses. Cela signifie que nous devons trouver un équilibre entre la quantité minimale de solvant organique que nous pouvons utiliser tout en maintenant la fonctionnalité de l'aptamère.
- Une forme stable de la cible : Si une cible se présente sous plusieurs formes à l'aptamère, ou sous des formes in vitro différentes de celles in vivo, cela crée un problème pour la sélection car les épitopes changent constamment.
- La cible est stable dans la matrice pertinente : Les cibles qui se métabolisent spontanément ou qui ne sont pas stables pendant plus d'une heure à température ambiante sont difficiles à manipuler.
- Faible coût de la cible : C'est souvent une contrainte avec les protéines, où la forme native de la protéine est nécessaire pour obtenir des épitopes qui sont présents in vivo.
- Haute pureté de la cible : Nous avons échoué avec des projets basés sur des modifications post-traductionnelles car le matériau cible était un mélange de cibles PTM et de cibles non PTM. Nous avons besoin d'un échantillon pur d'au moins un côté du contraste, peu importe s'il s'agit du côté positif ou négatif.
Il y a plusieurs raisons simples :
- La sélection basée sur les aptamères ne dispose pas d'un moyen implicite de supprimer les séquences qui se lient aux cibles propres (le système auto-immunitaire de production d'anticorps). La contre-sélection n'est pas suffisamment efficace pour surmonter cette contrainte. NeoVentures a développé l'approche Neomer pour résoudre ce problème et développer des aptamères qui sont plus adaptés aux applications de diagnostic commercial que jamais auparavant.
- Il y avait des brevets généraux sur l'utilisation d'oligonucléotides se liant à une molécule cible dans le monde entier jusqu'en 2011/12.
- La fenêtre d'opportunité commerciale n'est pas ouverte depuis très longtemps.
- Le développement de produits commerciaux à partir d'anticorps a pris des décennies à développer avec plusieurs groupes de recherche travaillant en collaboration. Ce n'est pas le cas avec les aptamères.
- Il existe un manque de conscience que les aptamères ne peuvent pas être intégrés dans des systèmes d'anticorps et être attendus pour fonctionner.
- Il est très facile de rendre un aptamère inefficace en les immobilisant sur des surfaces chargées ou sur des protéines. Nous avons travaillé pendant des années pour développer des méthodes permettant de maintenir la fonctionnalité des aptamères lorsqu'ils sont immobilisés.
- Tous les produits thérapeutiques basés sur les anticorps sont basés sur la stimulation de la réponse immunitaire. Cela ne se produira pas avec les aptamères ; par conséquent, des approches plus astucieuses sont nécessaires pour les produits thérapeutiques basés sur les aptamères.
Les aptamères peuvent être utilisés dans les mêmes plates-formes de diagnostic que les anticorps, par exemple, les tests à écoulement latéral, les tests à écoulement, les tests de plaque fluorescente/colorimétrique, l'électrochimie et les tests qPCR. Dans certaines circonstances, les aptamères nécessiteront des modifications différentes par rapport à celles utilisées pour les anticorps pour être fonctionnels. Par exemple, les aptamères peuvent être utilisés dans des tests à écoulement latéral, mais ils doivent être fonctionnalisés avant d'être placés sur le tampon en nitrocellulose, sinon ils ne seront pas fonctionnels pour se lier à leur cible. Chez NeoVentures, nous savons quelle chimie fonctionne le mieux pour ce test de diagnostic, ainsi que pour toutes les autres plates-formes.
Une nouvelle méthode de sélection d'aptamères, Neomers, élimine les principaux problèmes rencontrés lors du développement d'aptamères observés lors de l'utilisation de SELEX. Elle utilise une combinaison de nucléotides connus et aléatoires qui permet l'utilisation d'une bibliothèque de 4,29 milliards de séquences identiques pour chaque sélection. Nous pouvons caractériser le niveau de liaison d'une molécule cible sur les 4,29 milliards de séquences en une seule étape de sélection, suivie d'une astuce ingénieuse que nous utilisons pour l'analyse par NGS. Lisez davantage sur Neomers ici.
Neomers surmonte tous les problèmes de SELEX. En raison de la manière novatrice dont la bibliothèque est conçue, nous pouvons commencer avec la même bibliothèque pour chaque sélection. En utilisant cette méthode, nous pouvons tenir compte des séquences qui se lient aux cibles hors cible, même celles qui se lient faiblement, et les retirer de la liste des séquences potentielles. Cela nous permet de créer un système de "tolérance immunitaire" in-silico et de supprimer toutes les séquences qui se lient à un "auto-antigène".
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles l'approche Neomer représente une
et ce changement générationnel dans la technologie des aptamères. Toutes ces raisons découlent de
la capacité d'évaluer la réponse des mêmes 4,29 milliards de séquences
contre différentes cibles.
Augmentation de la vitesse de développement (une seule ronde de sélection)
Résultats de sélection reproductibles (commencez avec la même bibliothèque à partir du
même cible dans différentes réplications)Construire une base de connaissances (chaque nouvelle cible ajoute à la réponse connue
empreinte digitale des 4,29 milliards de séquences).Spécificité accrue (capacité à cribler toutes les séquences qui se lient à
cible souhaitée, pour leur réponse aux protéines abondantes)
Il convient de rappeler que la plateforme SELEX était également propriétaire et n'était pas publique pendant de nombreuses années
développement de produits commerciaux n'a pas nécessité de licence avec la
Les détenteurs de brevets. NeoVentures n'adopte pas cette approche. Nous octroyons des licences
l'utilisation de la plateforme par d'autres, et nous n'exigeons pas de redevance pour Neomer
basés sur les aptamères.
La plateforme nécessite une capacité de calcul intensive. Nous avons construit
d'un code propriétaire pour effectuer des analyses sur des serveurs Linux internes et dans le cadre
de l'utilisation sous licence des plates-formes, il est nécessaire que nous effectuions
l'analyse des données nous-mêmes. Le processus de sélection et le traitement NGS
et des bibliothèques peuvent être effectuées par d'autres.
Depuis notre invention de la plateforme Neomer, nous avons connu une
augmentation constante de la demande d'aptamères de la part de nouveaux clients et de notre importante base de clients existante
base de clients existante. Nos clients passent en premier, et nos résultats avec la
les clients sont maintenus confidentiels. Nous avons continué à augmenter notre
notre personnel de manière constante au cours des deux dernières années et nous traitons désormais les résultats
à partir de travaux internes en vue de leur publication.
Si vous avez la capacité de faire la sélection en interne, alors cette approche offre des économies substantielles par rapport à notre conception traditionnelle personnalisée d'aptamères. NeoVentures fournirait la bibliothèque Neomer pour une sélection que vous effectueriez. Il y a la possibilité soit que vous effectuiez la préparation et la soumission NGS, soit que NeoVentures le fasse moyennant des frais supplémentaires. Après la NGS, NeoVentures analyserait les données de la même manière que nous le faisons pour n'importe lequel de nos projets internes afin de vous fournir des aptamères de la plus haute qualité et une analyse de la structure. Learn more about our licensing options here.
Nous avons sélectionné et testé des aptamères pour diverses cibles. Ils sont disponibles à l'achat pour des tests de faisabilité dans différentes analyses. De plus, il existe la possibilité d'obtenir des droits commerciaux exclusifs moyennant des frais supplémentaires.
Non, nous considérons que notre concurrence se situe avec les fournisseurs d'anticorps. Les fournisseurs d'anticorps ne prennent pas de position en matière de propriété intellectuelle sur les anticorps qui sont développés sur mesure pour vous. Dans le cadre de notre accord de service de fourniture, nous fournissons aux clients une licence exclusive, mondiale, irrévocable et exempte de redevances pour les aptamères que nous leur fournissons pour l'application prévue.
Ces réponses ont tendance à être biaisées en faveur de l'entreprise d'aptamères. Pour maintenir la transparence, NeoVentures structure les projets de manière à partager les risques avec les clients. Une partie de votre structure de paiement est basée sur notre livraison d'aptamères répondant aux spécifications convenues. En tant que tel, nous n'essaierons pas de développer des aptamères lorsque nous pensons que le risque d'échec est trop élevé. Nous nous réservons le droit de refuser les projets que nous considérons comme trop risqués.
Oui, nous avons réalisé plusieurs projets réussis avec des cellules entières. Nous préférons cibler directement le domaine extracellulaire des protéines transmembranaires, mais cela n'est pas toujours possible. C'est le seul domaine de telles protéines qui est généralement soluble.
Oui, nous préférons utiliser des peptides pour la sélection plutôt que des protéines entières. Nous n'utilisons que des peptides comme guide de sélection, nous introduisons toujours des doubles positifs avec des peptides et des protéines. De plus, nous n'utilisons que des peptides auxquels un anticorps a déjà été montré pour se lier ainsi qu'à la protéine entière.
- – Cibles volumineuses (c'est-à-dire les protéines) : Nous utilisons un instrument d'imagerie par résonance plasmonique de surface (SPRi). Nous disposons d'un instrument Horiba OpenPlex qui nous permet d'observer simultanément la liaison sur plusieurs aptamères immobilisés sur une puce en or.
- – Petites cibles : Calorimétrie de titration isotherme (ITC). Nous utilisons un instrument TA Instruments NanoITC.
- – Analyse de la liaison des aptamères dans la matrice : nous immobilisons l'aptamère sur de la résine, faisons passer la cible à travers, et déterminons la quantité liée grâce à une analyse par HPLC.
De plus, nous avons travaillé de manière approfondie avec des essais de polarisation de fluorescence et des essais de commutation de fluorescence, et nous avons la capacité d'analyser la liaison avec ces approches grâce à notre instrument Tecan Sapphire II.
Nous considérons que toutes les informations que nous développons dans le cadre d'un projet appartiennent au client. Après réception du paiement final pour un projet, nous vous fournissons autant de séquences que vous le souhaitez. Avec la nouvelle génération de séquençage que nous fournissons, il peut y avoir jusqu'à trente millions de séquences.
Oui, pour la plupart des cibles, NeoVentures peut effectuer des tests dans nos essais de liaison pour conseiller une paire d'aptamères ayant la meilleure chance de former une paire de type sandwich réussie. Cela est généralement réalisable uniquement pour les cibles de protéines ou de peptides de grande taille, car il y aura plusieurs épitopes disponibles pour une paire d'aptamères.
Nous réalisons des tests de liaison sans dénaturer les aptamères au préalable. Cela garantit que nous vous fournissons des aptamères qui n'ont pas besoin d'être dénaturés au préalable. Apprenez pourquoi dans notre blog.
Les aptamères sont des oligonucléotides d'ARN ou d'ADN qui se lient à des molécules cibles spécifiques avec une grande affinité et spécificité. La liaison des aptamères à de telles cibles est basée sur le même mode d'action que les anticorps, principalement les forces de Van der Waals et les liaisons hydrogène. La seule différence est que ce sont les nucléotides qui sont impliqués dans ces liaisons, au lieu des acides aminés. Ils ont des affinités similaires à celles des anticorps pour leurs cibles et présentent plusieurs avantages, notamment une plus grande stabilité, une production à grande échelle plus facile, une faible immunogénicité et la capacité à cibler des molécules à faible antigénicité. Comme les anticorps, les aptamères ont une large gamme d'applications, servant de médicaments, d'outils de diagnostic et de thérapie, de réactifs analytiques et de molécules de bio-imagerie.
La conception classique d'une bibliothèque d'aptamères est présentée dans la figure suivante.
Il y a une séquence aléatoire généralement composée de 40 nucléotides (nt) qui est flanquée de deux séquences de reconnaissance d'amorces PCR. Deux facteurs permettent aux aptamères de fonctionner : premièrement, il s'agit d'un oligonucléotide simple brin. Cela signifie que chaque séquence souhaite former autant de liaisons double brin que possible. Chaque séquence se repliera sur elle-même dans les régions d'homologie (A se liant à T et G se liant à C) autant que possible. Le deuxième facteur qui permet aux aptamères de fonctionner est la présence d'une région aléatoire. Lorsqu'une bibliothèque d'aptamères est synthétisée, il y a une probabilité égale pour chaque nucléotide à chaque position de la région aléatoire. Chaque séquence différente se repliera différemment, formant ainsi une forme différente et présentant ainsi un potentiel de liaison à différentes molécules. Le défi de la sélection des aptamères est de trouver les séquences qui se lient à votre molécule cible.
SELEX est le processus par lequel les aptamères qui se lient à une cible sont sélectionnés à partir d'une bibliothèque de séquences aléatoires. Le processus implique d'exposer une bibliothèque aléatoire à la cible immobilisée, de séparer les aptamères liés des non liés, d'amplifier par PCR les aptamères liés, et de répéter le processus. Ce processus est répété jusqu'à ce que les aptamères souhaités dominent la bibliothèque de sélection.
La principale contrainte avec SELEX est la nécessité d'immobiliser la cible afin de séparer les aptamères liés des non liés. Cela pose un problème avec les petites molécules car l'immobilisation modifie à la fois la structure de la molécule et élimine un groupe de charge de la sélection pour la liaison. FRELEX surmonte cette contrainte en permettant la séparation des aptamères liés des non liés à l'état libre. Learn more about the advantages of FRELEX here
D'après les données, un aptamère en ADN fonctionne aussi bien qu'un aptamère en ARN. La théorie est que les aptamères en ARN sont plus flexibles, et il a été réalisé un travail considérable avec les séquences en ARN pour modéliser les structures tertiaires. Cependant, nous en sommes qu'au début en ce qui concerne les structures tertiaires que peuvent former les molécules d'ADN simple brin. Les structures en tétramère G (G-quartets) font d'excellents aptamères avec des affinités de liaison similaires à celles des aptamères en ARN. Pour des applications de diagnostic, un aptamère en ARN vous coûtera plus cher à synthétiser commercialement et aura une durée de conservation plus courte qu'un produit basé sur des anticorps. Un aptamère en ADN naturel aura une durée de conservation d'un an à température ambiante. Pour des applications thérapeutiques, il est nécessaire d'utiliser des nucléotides modifiés pour incorporer une résistance aux nucléases. Les enzymes utilisées pour traiter l'ARN (ARN polymérases et transcriptase inverse) fonctionnent beaucoup mieux avec ces nucléotides modifiés que la polymérase d'ADN ne fonctionne avec des nucléotides d'ADN modifiés. Pour cette raison, nous utilisons de l'ARN modifié pour les applications thérapeutiques.
Pour les applications de diagnostic, il n'existe actuellement aucune donnée démontrant que l'utilisation de nucléotides modifiés entraîne une affinité de liaison inférieure à ce qui est possible avec des nucléotides naturels. Notre utilisation du séquençage de nouvelle génération dans le processus de découverte nous permet d'identifier les meilleures séquences de nucléotides naturels disponibles. Si vous envisagez sérieusement de développer une plateforme de diagnostic commerciale avec l'aptamère que vous développez, vous devez tenir compte du coût de production. Avec des nucléotides naturels, vous aurez un coût de synthèse plus bas et vous aurez la liberté de faire synthétiser votre aptamère par n'importe qui sans redevance. Pour les applications thérapeutiques, vous devez utiliser des nucléotides modifiés à toutes les positions dans le processus de sélection, ce qui entraînera des coûts de synthèse plus bas pour votre aptamère commercial final que avec un mélange de nucléotides, et fournira le niveau de protection nécessaire contre les nucléases. Vous devrez également ajouter de la masse à l'aptamère pour éviter qu'il ne soit évacué trop rapidement du corps.
Tout ce qu'un anticorps peut faire, un aptamère peut le faire. Les aptamères peuvent être appliqués à un éventail de cibles plus large que les anticorps. Nous développons des aptamères pour des cibles trop grandes pour les anticorps, comme les protéines membranaires in situ à l'intérieur des cellules, et des cibles trop petites pour les anticorps. Il est également possible de développer des aptamères pour des cibles trop toxiques pour la production d'anticorps, où l'injection de la molécule cible tuerait l'animal dans lequel elle est injectée. Apprenez-en davantage ici.
La constante de dissociation (kD) est une mesure de la force de liaison entre l'aptamère et la cible. Une faible valeur de la constante de dissociation signifie qu'une faible concentration d'aptamère et de cible est nécessaire pour que la liaison se produise, ce qui indique une grande affinité ou une grande force de liaison. KD = kd/ka, ou koff/kon. Dans les applications de diagnostic, plus la valeur de koff est faible, mieux c'est, car cela signifie que votre complexe restera ensemble lors des étapes de lavage.
1. Soluble in aqueous solutions: Many small molecules and peptides are simply not very soluble in aqueous solutions. This means we need to find a balance between the minimum amount of organic solvent that we can use while still maintaining aptamer functionality.
2. A stable form of the target: If a target presents itself in multiple forms to the aptamer, or in forms in vitro that are different from forms in vivo, this creates an issue for selection as the epitopes constantly change
3. Target is stabile in relevant matrix: Targets that self metabolizes or are not stable for more than 1 hour at RT are difficult to work with.
4. Low cost of the target: This is often a constraint with proteins where the native form of the protein is necessary in order to obtain epitopes that are present in vivo.
5. High target purity: We have failed with projects based on post-translational modifications because the target material was a mixture of PTMs and non-PTM targets. We need a pure sample of at least one side of a contrast, it does not matter if it is the positive or negative side
Il y a plusieurs raisons simples :
- La sélection basée sur les aptamères ne dispose pas d'un moyen implicite de supprimer les séquences qui se lient aux cibles propres (le système auto-immunitaire de production d'anticorps). La contre-sélection n'est pas suffisamment efficace pour surmonter cette contrainte. NeoVentures a développé l'approche Neomer pour résoudre ce problème et développer des aptamères qui sont plus adaptés aux applications de diagnostic commercial que jamais auparavant.
- Il y avait des brevets généraux sur l'utilisation d'oligonucléotides se liant à une molécule cible dans le monde entier jusqu'en 2011/12.
- La fenêtre d'opportunité commerciale n'est pas ouverte depuis très longtemps.
- Le développement de produits commerciaux à partir d'anticorps a pris des décennies à développer avec plusieurs groupes de recherche travaillant en collaboration. Ce n'est pas le cas avec les aptamères.
- Il existe un manque de conscience que les aptamères ne peuvent pas être intégrés dans des systèmes d'anticorps et être attendus pour fonctionner.
- Il est très facile de rendre un aptamère inefficace en les immobilisant sur des surfaces chargées ou sur des protéines. Nous avons travaillé pendant des années pour développer des méthodes permettant de maintenir la fonctionnalité des aptamères lorsqu'ils sont immobilisés.
- Tous les produits thérapeutiques basés sur les anticorps sont basés sur la stimulation de la réponse immunitaire. Cela ne se produira pas avec les aptamères ; par conséquent, des approches plus astucieuses sont nécessaires pour les produits thérapeutiques basés sur les aptamères.
Les aptamères peuvent être utilisés dans les mêmes plates-formes de diagnostic que les anticorps, par exemple, les tests à écoulement latéral, les tests à écoulement, les tests de plaque fluorescente/colorimétrique, l'électrochimie et les tests qPCR. Dans certaines circonstances, les aptamères nécessiteront des modifications différentes par rapport à celles utilisées pour les anticorps pour être fonctionnels. Par exemple, les aptamères peuvent être utilisés dans des tests à écoulement latéral, mais ils doivent être fonctionnalisés avant d'être placés sur le tampon en nitrocellulose, sinon ils ne seront pas fonctionnels pour se lier à leur cible. Chez NeoVentures, nous savons quelle chimie fonctionne le mieux pour ce test de diagnostic, ainsi que pour toutes les autres plates-formes.
Une nouvelle méthode de sélection d'aptamères, Neomers, élimine les principaux problèmes rencontrés lors du développement d'aptamères observés lors de l'utilisation de SELEX. Elle utilise une combinaison de nucléotides connus et aléatoires qui permet l'utilisation d'une bibliothèque de 4,29 milliards de séquences identiques pour chaque sélection. Nous pouvons caractériser le niveau de liaison d'une molécule cible sur les 4,29 milliards de séquences en une seule étape de sélection, suivie d'une astuce ingénieuse que nous utilisons pour l'analyse par NGS. Lisez davantage sur Neomers ici.
Neomers surmonte tous les problèmes de SELEX. En raison de la manière novatrice dont la bibliothèque est conçue, nous pouvons commencer avec la même bibliothèque pour chaque sélection. En utilisant cette méthode, nous pouvons tenir compte des séquences qui se lient aux cibles hors cible, même celles qui se lient faiblement, et les retirer de la liste des séquences potentielles. Cela nous permet de créer un système de "tolérance immunitaire" in-silico et de supprimer toutes les séquences qui se lient à un "auto-antigène".
Si vous avez la capacité de faire la sélection en interne, alors cette approche offre des économies substantielles par rapport à notre conception traditionnelle personnalisée d'aptamères. NeoVentures fournirait la bibliothèque Neomer pour une sélection que vous effectueriez. Il y a la possibilité soit que vous effectuiez la préparation et la soumission NGS, soit que NeoVentures le fasse moyennant des frais supplémentaires. Après la NGS, NeoVentures analyserait les données de la même manière que nous le faisons pour n'importe lequel de nos projets internes afin de vous fournir des aptamères de la plus haute qualité et une analyse de la structure. Learn more about our licensing options here.
Nous avons sélectionné et testé des aptamères pour diverses cibles. Ils sont disponibles à l'achat pour des tests de faisabilité dans différentes analyses. De plus, il existe la possibilité d'obtenir des droits commerciaux exclusifs moyennant des frais supplémentaires.
Non, nous considérons que notre concurrence se situe avec les fournisseurs d'anticorps. Les fournisseurs d'anticorps ne prennent pas de position en matière de propriété intellectuelle sur les anticorps qui sont développés sur mesure pour vous. Dans le cadre de notre accord de service de fourniture, nous fournissons aux clients une licence exclusive, mondiale, irrévocable et exempte de redevances pour les aptamères que nous leur fournissons pour l'application prévue.
Ces réponses ont tendance à être biaisées en faveur de l'entreprise d'aptamères. Pour maintenir la transparence, NeoVentures structure les projets de manière à partager les risques avec les clients. Une partie de votre structure de paiement est basée sur notre livraison d'aptamères répondant aux spécifications convenues. En tant que tel, nous n'essaierons pas de développer des aptamères lorsque nous pensons que le risque d'échec est trop élevé. Nous nous réservons le droit de refuser les projets que nous considérons comme trop risqués.
Oui, nous avons réalisé plusieurs projets réussis avec des cellules entières. Nous préférons cibler directement le domaine extracellulaire des protéines transmembranaires, mais cela n'est pas toujours possible. C'est le seul domaine de telles protéines qui est généralement soluble.
Oui, nous préférons utiliser des peptides pour la sélection plutôt que des protéines entières. Nous n'utilisons que des peptides comme guide de sélection, nous introduisons toujours des doubles positifs avec des peptides et des protéines. De plus, nous n'utilisons que des peptides auxquels un anticorps a déjà été montré pour se lier ainsi qu'à la protéine entière.
- – Cibles volumineuses (c'est-à-dire les protéines) : Nous utilisons un instrument d'imagerie par résonance plasmonique de surface (SPRi). Nous disposons d'un instrument Horiba OpenPlex qui nous permet d'observer simultanément la liaison sur plusieurs aptamères immobilisés sur une puce en or.
- – Petites cibles : Calorimétrie de titration isotherme (ITC). Nous utilisons un instrument TA Instruments NanoITC.
- – Analyse de la liaison des aptamères dans la matrice : nous immobilisons l'aptamère sur de la résine, faisons passer la cible à travers, et déterminons la quantité liée grâce à une analyse par HPLC.
Nous considérons que toutes les informations que nous développons dans le cadre d'un projet appartiennent au client. Après réception du paiement final pour un projet, nous vous fournissons autant de séquences que vous le souhaitez. Avec la nouvelle génération de séquençage que nous fournissons, il peut y avoir jusqu'à trente millions de séquences.
Oui, pour la plupart des cibles, NeoVentures peut effectuer des tests dans nos essais de liaison pour conseiller une paire d'aptamères ayant la meilleure chance de former une paire de type sandwich réussie. Cela est généralement réalisable uniquement pour les cibles de protéines ou de peptides de grande taille, car il y aura plusieurs épitopes disponibles pour une paire d'aptamères.
Nous réalisons des tests de liaison sans dénaturer les aptamères au préalable. Cela garantit que nous vous fournissons des aptamères qui n'ont pas besoin d'être dénaturés au préalable. Apprenez pourquoi dans notre blog.
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