Preguntas Frecuentes
Los aptámeros son oligonucleótidos de ARN o ADN que se unen a moléculas específicas con alta afinidad y especificidad. La unión de aptámeros a tales objetivos se basa en el mismo modo de acción que los anticuerpos, principalmente en fuerzas de Van der Waals y enlaces de hidrógeno. La única diferencia es que en estos enlaces participan nucleótidos en lugar de aminoácidos. Tienen afinidades similares a los anticuerpos para sus objetivos y proporcionan varias ventajas, incluyendo una mayor estabilidad, una producción a gran escala más fácil, baja inmunogenicidad y la capacidad de dirigirse a moléculas con baja antigenicidad. Al igual que los anticuerpos, los aptámeros tienen una amplia gama de aplicaciones, sirviendo como fármacos, herramientas de diagnóstico y terapéuticas, reactivos analíticos y moléculas de bioimagen.
El diseño clásico de una biblioteca de aptámeros se proporciona en la siguiente figura.
Hay una secuencia aleatoria de generalmente 40 nucleótidos (nt) que está flanqueada por dos secuencias de reconocimiento de cebadores de PCR. Hay dos factores que permiten que los aptámeros funcionen. Uno es que se trata de un oligonucleótido de cadena simple. Esto significa que cada secuencia quiere formar la mayor cantidad posible de doble hélice. Cada secuencia se plegará sobre sí misma en regiones de homología (A se empareja con T, y G se empareja con C) tanto como sea posible. El segundo factor que permite que los aptámeros funcionen es la presencia de una región aleatoria. Cuando se sintetiza una biblioteca de aptámeros, hay una probabilidad igual de cada nucleótido en cada posición de la región aleatoria. Cada secuencia diferente se plegará de manera diferente, formando así una forma diferente y exhibiendo así potencial para unirse a diferentes moléculas. El desafío con la selección de aptámeros es encontrar las secuencias que se unen a su molécula objetivo.
SELEX es el proceso mediante el cual se seleccionan aptámeros que se unen a un objetivo a partir de una biblioteca de secuencias aleatorias. El proceso implica exponer una biblioteca aleatoria al objetivo inmovilizado, separar los aptámeros unidos de los no unidos, amplificar los aptámeros unidos mediante PCR y repetir el proceso. Este proceso se repite hasta que los aptámeros deseados dominen la biblioteca de selección.
La principal limitación con SELEX es la necesidad de inmovilizar el objetivo para poder separar los aptámeros unidos de los no unidos. Esto es un problema con las moléculas pequeñas porque la inmovilización cambia la estructura de la molécula y elimina un grupo de carga de la selección para la unión. FRELEX supera esta limitación al permitir la separación de aptámeros unidos de los no unidos en estado libre. Aprende más sobre las ventajas de FRELEX aquí.
Según los datos, los aptámeros de ADN funcionan tan bien como los aptámeros de ARN. La teoría es que los aptámeros de ARN son más flexibles, y se ha realizado un considerable trabajo con secuencias de ARN para modelar estructuras terciarias. Sin embargo, apenas estamos comenzando a explorar lo que las moléculas de ADN de cadena sencilla pueden formar en términos de estructuras terciarias. Las estructuras de cuarteto-G hacen excelentes aptámeros con afinidades de unión similares a los aptámeros de ARN. Para aplicaciones de diagnóstico, un aptámero de ARN te costará más sintetizarlo comercialmente y tendrá una vida útil más corta que un producto basado en anticuerpos. Un aptámero de ADN con nucleótidos naturales tendrá una vida útil de un año a temperatura ambiente. Para aplicaciones terapéuticas, es necesario usar nucleótidos modificados para incorporar resistencia a nucleasas. Las enzimas utilizadas para procesar ARN (ARN polimerasas y transcriptasa inversa) funcionan mucho mejor con estos nucleótidos modificados que la polimerasa de ADN con nucleótidos de ADN modificados. Por esta razón, usamos ARN modificado para aplicaciones terapéuticas.
Para aplicaciones de diagnóstico, actualmente no hay datos que demuestren que el uso de nucleótidos modificados conduzca a una afinidad de unión más baja de lo posible con nucleótidos naturales. Nuestro uso de secuenciación de próxima generación en el proceso de descubrimiento nos permite identificar las mejores secuencias de nucleótidos naturales disponibles. Si estás considerando seriamente desarrollar una plataforma de diagnóstico comercial con el aptámero que desarrolles, necesitas considerar el costo de producción. Con nucleótidos naturales, tendrás un menor costo de síntesis y tendrás la libertad de que tu aptámero sea sintetizado por cualquier persona sin necesidad de pagar regalías. Para aplicaciones terapéuticas, necesitarás usar nucleótidos modificados en todas las posiciones en el proceso de selección, lo que resultará en costos de síntesis más bajos para tu aptámero comercial final que con una mezcla de nucleótidos, y proporcionará el nivel de protección necesaria contra nucleasas. También necesitarás agregar masa al aptámero para evitar que se elimine rápidamente del cuerpo.
Todo lo que un anticuerpo puede hacer, un aptámero puede hacerlo también. Los aptámeros pueden aplicarse a una gama más amplia de objetivos que los anticuerpos. Desarrollamos aptámeros para objetivos que son demasiado grandes para los anticuerpos, como proteínas de membrana in situ dentro de las células, y objetivos que son demasiado pequeños para los anticuerpos. También es posible desarrollar aptámeros para objetivos que son demasiado tóxicos para la producción de anticuerpos, donde la inyección de la molécula objetivo mataría al animal en el que se está inyectando. Aprende más aquí.
La constante de disociación (kD) La constante de disociación (KD) es una medida de la fuerza de unión entre el aptámero y el objetivo. Un valor bajo para la constante de disociación significa que se requiere una baja concentración de aptámero y objetivo para que ocurra la unión, lo que indica una alta afinidad o fuerza de unión. KD = kd/ka, o koff/kon. En aplicaciones diagnósticas, cuanto menor sea el valor de koff, mejor, porque esto significa que su complejo se mantendrá unido durante los pasos de lavado.
- Solubles en soluciones acuosas: Muchas moléculas pequeñas y péptidos simplemente no son muy solubles en soluciones acuosas. Esto significa que necesitamos encontrar un equilibrio entre la cantidad mínima de solvente orgánico que podemos usar y aún así mantener la funcionalidad del aptámero.
- Una forma estable del objetivo: Si un objetivo se presenta en múltiples formas al aptámero, o en formas in vitro que son diferentes de las formas in vivo, esto crea un problema para la selección ya que los epítopes cambian constantemente.
- El objetivo es estable en la matriz relevante: Los objetivos que se metabolizan por sí mismos o que no son estables durante más de 1 hora a temperatura ambiente son difíciles de trabajar.
- Bajo costo del objetivo: Esto suele ser una limitación con las proteínas, donde la forma nativa de la proteína es necesaria para obtener epítopes que están presentes in vivo.
- Alta pureza del objetivo: Hemos fracasado en proyectos basados en modificaciones post-traduccionales porque el material del objetivo era una mezcla de PTMs (modificaciones post-traduccionales) y objetivos no PTM. Necesitamos una muestra pura de al menos un lado de un contraste, no importa si es el lado positivo o negativo.
Hay varias razones simples:
- La selección basada en aptámeros no tiene un medio implícito para eliminar secuencias que se unen a objetivos propios (el sistema autoinmune de producción de anticuerpos). La contraselección no es lo suficientemente efectiva para superar esta limitación. NeoVentures ha desarrollado el enfoque Neomer para superar este problema y desarrollar aptámeros que son más adecuados para aplicaciones de diagnóstico comercial que nunca antes.
- Hasta 2011/12, existían amplias patentes sobre el uso de oligonucleótidos que se unían a una molécula objetivo a nivel global.
- La ventana de oportunidad comercial no ha estado abierta durante mucho tiempo.
- El desarrollo de productos comerciales a partir de anticuerpos tomó décadas en desarrollarse, con varios grupos de investigación trabajando colaborativamente. Esto no ha sido el caso con los aptámeros.
- Existe una falta de conciencia de que los aptámeros no pueden ser simplemente integrados en sistemas de anticuerpos y esperar que funcionen.
- Es muy fácil inutilizar un aptámero al inmovilizarlo en superficies cargadas o en proteínas. Trabajamos durante años para desarrollar métodos que mantuvieran funcionales a los aptámeros cuando están inmovilizados.
- Todos los tratamientos basados en anticuerpos se basan en la estimulación de la respuesta inmune. Esto no sucederá con los aptámeros; por lo tanto, se necesitan enfoques más inteligentes para los tratamientos basados en aptámeros.
Los aptámeros pueden ser utilizados en las mismas plataformas de diagnóstico en las que se pueden usar los anticuerpos, por ejemplo, en pruebas basadas en flujo lateral, flujo a través, pruebas basadas en placas fluorescentes/colorimétricas, electroquímica y pruebas de qPCR. En ciertas circunstancias, los aptámeros necesitarán diferentes modificaciones en comparación con las que se utilizan para los anticuerpos para ser funcionales. Por ejemplo, los aptámeros pueden ser utilizados en pruebas basadas en flujo lateral, pero necesitan ser funcionalizados antes de ser colocados en la almohadilla de nitrocelulosa o de lo contrario no serán funcionales para unirse a su objetivo. En NeoVentures, sabemos qué química funciona mejor para esta prueba de diagnóstico, así como para todas las demás plataformas.
Un nuevo método de selección de aptámeros, Neomers, elimina los problemas clave que enfrenta el desarrollo de aptámeros observados al usar SELEX. Utiliza una combinación de nucleótidos conocidos y aleatorios que permite el uso de una biblioteca de las mismas 4.29 mil millones de secuencias para cada selección. Podemos caracterizar el nivel de unión de una molécula objetivo en todas las 4.29 mil millones de secuencias en una sola ronda de selección, seguida de un truco inteligente que empleamos para el análisis de NGS. Read more about Neomers here.
Neomers supera todos los problemas que tiene SELEX. Debido a la forma novedosa en que se diseña la biblioteca, podemos comenzar con la misma biblioteca para cada selección. Con este método, podemos tener en cuenta las secuencias que se unen a los objetivos no deseados, incluso aquellas que se unen débilmente, y eliminarlas de la lista de secuencias potenciales. Esto nos permite crear un sistema de "tolerancia inmune" in silico y eliminar cualquier secuencia que se una a un antígeno "propio".
Hay varias razones por las que el enfoque Neomer representa un
generational shift in aptamer technology. All of these reasons arise from
la capacidad de evaluar la respuesta de las mismas 4.29 mil millones de secuencias
contra diferentes objetivos.
Aumento de la velocidad de desarrollo (una ronda de selección)
Resultados de selección reproducibles (comienza con la misma biblioteca en el
mismo objetivo en diferentes replicaciones)base de conocimientos (cada nuevo objetivo añade a la respuesta conocida
huella dactilar de las 4.29 mil millones de secuencias).Mayor especificidad (capacidad para filtrar todas las secuencias que se unen a
objetivo deseado, para su respuesta a proteínas abundantes)
Se debe recordar que la plataforma SELEX era propietaria y no
y no se desarrollaron productos comerciales sin necesidad de una licencia con la
NeoVentures no está adoptando este enfoque. Estamos concediendo licencias
la plataforma a otros para su uso, y no requerimos regalías por Neomer
basados en aptámeros.
La plataforma requiere una capacidad informática intensiva. Hemos construido
de código propietario para realizar análisis en servidores Linux internos y como parte
de la utilización con licencia de las plataformas, es necesario que llevemos a cabo
el análisis de datos nosotros mismos. El proceso de selección y el procesamiento de NGS
las bibliotecas pueden ser realizados por otros.
Desde nuestra invención de la plataforma Neomer, hemos experimentado un
y constante aumento en la demanda de aptámeros por parte de nuevos clientes y de nuestros grandes
base de clientes existente. Nuestros clientes son nuestra prioridad, y nuestros resultados con la
clientes se mantienen confidenciales. Hemos seguido aumentando nuestra
nuestro personal constantemente durante los últimos dos años y ahora estamos procesando los resultados
del trabajo interno para su publicación.
Si tiene la capacidad para realizar la selección internamente, esta opción ofrece ahorros sustanciales en comparación con nuestro diseño tradicional de aptámeros personalizados. NeoVentures proporcionaría la biblioteca Neomer para una selección que usted completaría. Hay opción de que usted complete la preparación de NGS y la presentación de NGS, o NeoVentures puede hacerlo por un costo adicional. Después de NGS, NeoVentures analizaría los datos de la misma manera que lo hacemos para cualquiera de nuestros proyectos internos para obtener aptámeros de la más alta calidad y análisis estructural. Obtenga más información sobre nuestras opciones de licencia aquí.
Hemos seleccionado y probado aptámeros para una variedad de objetivos. Estos están disponibles para su compra para pruebas de viabilidad en varios ensayos. Además, existe la opción de obtener derechos comerciales exclusivos por una tarifa adicional.
No, creemos que nuestra competencia está con los proveedores de anticuerpos. Los proveedores de anticuerpos no asumen una posición de propiedad intelectual sobre los anticuerpos que se desarrollan personalizados para usted. Como parte de nuestro acuerdo de servicio de proveedor, proporcionamos a los clientes una licencia exclusiva, global, irrevocable y libre de regalías para los aptámeros que les proporcionamos para la aplicación prevista.
Estas respuestas tienden a estar sesgadas para favorecer a la empresa de aptámeros. Para mantener la transparencia, NeoVentures estructura los proyectos para compartir el riesgo con los clientes. Parte de la estructura de pago se basa en nuestra entrega de aptámeros que cumplan con las especificaciones acordadas. Como tal, no intentaremos desarrollar aptámeros donde consideramos que el riesgo de fracaso es demasiado alto. Nos reservamos el derecho de rechazar proyectos que consideremos demasiado riesgosos.
Sí, hemos realizado varios proyectos exitosos con células completas. Preferimos dirigirnos directamente al dominio extracelular de las proteínas transmembrana, pero esto no siempre es posible. Este es el único dominio en dichas proteínas que generalmente es soluble.
Sí, preferimos utilizar péptidos para la selección en lugar de proteínas completas. Solo usamos péptidos como guía para la selección, siempre introducimos dobles positivos con péptidos y proteínas. Además, solo utilizamos péptidos para los cuales previamente se ha demostrado que un anticuerpo también se une a la proteína completa.
- – Grandes objetivos (es decir, proteínas): Instrumento de imágenes de resonancia de plasmones superficiales (SPRi). Contamos con un instrumento Horiba OpenPlex que nos permite observar simultáneamente la unión en múltiples aptámeros inmovilizados en un chip de oro.
- – Objetivos pequeños: Calorimetría de titulación isotérmica (ITC). Contamos con un TA Instruments NanoITC.
- – Análisis de la unión de aptámeros en matriz: inmovilizamos el aptámero en resina, fluimos el objetivo a través de él y determinamos la cantidad unida mediante análisis de HPLC.
Además, hemos trabajado extensamente con ensayos de polarización de fluorescencia y ensayos de cambio de fluorescencia y tenemos la capacidad de analizar la unión con estos enfoques con nuestro instrumento Tecan Sapphire II.
Consideramos toda la información que desarrollamos dentro de un proyecto como propiedad del cliente. Después de recibir el pago final por un proyecto, le proporcionamos tantas secuencias como desee. Con la secuenciación de próxima generación que proporcionamos, puede haber hasta treinta millones de secuencias.
Sí, para la mayoría de los objetivos, NeoVentures puede realizar pruebas en nuestros ensayos de unión para asesorar sobre un par de aptámeros que tengan la mejor probabilidad de ser un par de sandwiches exitoso. Esto típicamente solo es factible para objetivos de proteínas o péptidos grandes, ya que habrá múltiples epítopos disponibles para un par de aptámeros.
Realizamos ensayos de unión sin desnaturalizar primero los aptámeros. Esto garantiza que le proporcionemos aptámeros que no necesitan desnaturalización previa. Aprenda por qué en nuestro blog.
Los aptámeros son oligonucleótidos de ARN o ADN que se unen a moléculas específicas con alta afinidad y especificidad. La unión de aptámeros a tales objetivos se basa en el mismo modo de acción que los anticuerpos, principalmente en fuerzas de Van der Waals y enlaces de hidrógeno. La única diferencia es que en estos enlaces participan nucleótidos en lugar de aminoácidos. Tienen afinidades similares a los anticuerpos para sus objetivos y proporcionan varias ventajas, incluyendo una mayor estabilidad, una producción a gran escala más fácil, baja inmunogenicidad y la capacidad de dirigirse a moléculas con baja antigenicidad. Al igual que los anticuerpos, los aptámeros tienen una amplia gama de aplicaciones, sirviendo como fármacos, herramientas de diagnóstico y terapéuticas, reactivos analíticos y moléculas de bioimagen.
El diseño clásico de una biblioteca de aptámeros se proporciona en la siguiente figura.
Hay una secuencia aleatoria de generalmente 40 nucleótidos (nt) que está flanqueada por dos secuencias de reconocimiento de cebadores de PCR. Hay dos factores que permiten que los aptámeros funcionen. Uno es que se trata de un oligonucleótido de cadena simple. Esto significa que cada secuencia quiere formar la mayor cantidad posible de doble hélice. Cada secuencia se plegará sobre sí misma en regiones de homología (A se empareja con T, y G se empareja con C) tanto como sea posible. El segundo factor que permite que los aptámeros funcionen es la presencia de una región aleatoria. Cuando se sintetiza una biblioteca de aptámeros, hay una probabilidad igual de cada nucleótido en cada posición de la región aleatoria. Cada secuencia diferente se plegará de manera diferente, formando así una forma diferente y exhibiendo así potencial para unirse a diferentes moléculas. El desafío con la selección de aptámeros es encontrar las secuencias que se unen a su molécula objetivo.
SELEX es el proceso mediante el cual se seleccionan aptámeros que se unen a un objetivo a partir de una biblioteca de secuencias aleatorias. El proceso implica exponer una biblioteca aleatoria al objetivo inmovilizado, separar los aptámeros unidos de los no unidos, amplificar los aptámeros unidos mediante PCR y repetir el proceso. Este proceso se repite hasta que los aptámeros deseados dominen la biblioteca de selección.
La principal limitación con SELEX es la necesidad de inmovilizar el objetivo para poder separar los aptámeros unidos de los no unidos. Esto es un problema con las moléculas pequeñas porque la inmovilización cambia la estructura de la molécula y elimina un grupo de carga de la selección para la unión. FRELEX supera esta limitación al permitir la separación de aptámeros unidos de los no unidos en estado libre. Aprende más sobre las ventajas de FRELEX aquí.
Según los datos, los aptámeros de ADN funcionan tan bien como los aptámeros de ARN. La teoría es que los aptámeros de ARN son más flexibles, y se ha realizado un considerable trabajo con secuencias de ARN para modelar estructuras terciarias. Sin embargo, apenas estamos comenzando a explorar lo que las moléculas de ADN de cadena sencilla pueden formar en términos de estructuras terciarias. Las estructuras de cuarteto-G hacen excelentes aptámeros con afinidades de unión similares a los aptámeros de ARN. Para aplicaciones de diagnóstico, un aptámero de ARN te costará más sintetizarlo comercialmente y tendrá una vida útil más corta que un producto basado en anticuerpos. Un aptámero de ADN con nucleótidos naturales tendrá una vida útil de un año a temperatura ambiente. Para aplicaciones terapéuticas, es necesario usar nucleótidos modificados para incorporar resistencia a nucleasas. Las enzimas utilizadas para procesar ARN (ARN polimerasas y transcriptasa inversa) funcionan mucho mejor con estos nucleótidos modificados que la polimerasa de ADN con nucleótidos de ADN modificados. Por esta razón, usamos ARN modificado para aplicaciones terapéuticas.
Para aplicaciones de diagnóstico, actualmente no hay datos que demuestren que el uso de nucleótidos modificados conduzca a una afinidad de unión más baja de lo posible con nucleótidos naturales. Nuestro uso de secuenciación de próxima generación en el proceso de descubrimiento nos permite identificar las mejores secuencias de nucleótidos naturales disponibles. Si estás considerando seriamente desarrollar una plataforma de diagnóstico comercial con el aptámero que desarrolles, necesitas considerar el costo de producción. Con nucleótidos naturales, tendrás un menor costo de síntesis y tendrás la libertad de que tu aptámero sea sintetizado por cualquier persona sin necesidad de pagar regalías. Para aplicaciones terapéuticas, necesitarás usar nucleótidos modificados en todas las posiciones en el proceso de selección, lo que resultará en costos de síntesis más bajos para tu aptámero comercial final que con una mezcla de nucleótidos, y proporcionará el nivel de protección necesaria contra nucleasas. También necesitarás agregar masa al aptámero para evitar que se elimine rápidamente del cuerpo.
Todo lo que un anticuerpo puede hacer, un aptámero puede hacerlo también. Los aptámeros pueden aplicarse a una gama más amplia de objetivos que los anticuerpos. Desarrollamos aptámeros para objetivos que son demasiado grandes para los anticuerpos, como proteínas de membrana in situ dentro de las células, y objetivos que son demasiado pequeños para los anticuerpos. También es posible desarrollar aptámeros para objetivos que son demasiado tóxicos para la producción de anticuerpos, donde la inyección de la molécula objetivo mataría al animal en el que se está inyectando. Aprende más aquí.
La constante de disociación (kD) La constante de disociación (KD) es una medida de la fuerza de unión entre el aptámero y el objetivo. Un valor bajo para la constante de disociación significa que se requiere una baja concentración de aptámero y objetivo para que ocurra la unión, lo que indica una alta afinidad o fuerza de unión. KD = kd/ka, o koff/kon. En aplicaciones diagnósticas, cuanto menor sea el valor de koff, mejor, porque esto significa que su complejo se mantendrá unido durante los pasos de lavado.
1. Soluble in aqueous solutions: Many small molecules and peptides are simply not very soluble in aqueous solutions. This means we need to find a balance between the minimum amount of organic solvent that we can use while still maintaining aptamer functionality.
2. A stable form of the target: If a target presents itself in multiple forms to the aptamer, or in forms in vitro that are different from forms in vivo, this creates an issue for selection as the epitopes constantly change
3. Target is stabile in relevant matrix: Targets that self metabolizes or are not stable for more than 1 hour at RT are difficult to work with.
4. Low cost of the target: This is often a constraint with proteins where the native form of the protein is necessary in order to obtain epitopes that are present in vivo.
5. High target purity: We have failed with projects based on post-translational modifications because the target material was a mixture of PTMs and non-PTM targets. We need a pure sample of at least one side of a contrast, it does not matter if it is the positive or negative side
Hay varias razones simples:
- La selección basada en aptámeros no tiene un medio implícito para eliminar secuencias que se unen a objetivos propios (el sistema autoinmune de producción de anticuerpos). La contraselección no es lo suficientemente efectiva para superar esta limitación. NeoVentures ha desarrollado el enfoque Neomer para superar este problema y desarrollar aptámeros que son más adecuados para aplicaciones de diagnóstico comercial que nunca antes.
- Hasta 2011/12, existían amplias patentes sobre el uso de oligonucleótidos que se unían a una molécula objetivo a nivel global.
- La ventana de oportunidad comercial no ha estado abierta durante mucho tiempo.
- El desarrollo de productos comerciales a partir de anticuerpos tomó décadas en desarrollarse, con varios grupos de investigación trabajando colaborativamente. Esto no ha sido el caso con los aptámeros.
- Existe una falta de conciencia de que los aptámeros no pueden ser simplemente integrados en sistemas de anticuerpos y esperar que funcionen.
- Es muy fácil inutilizar un aptámero al inmovilizarlo en superficies cargadas o en proteínas. Trabajamos durante años para desarrollar métodos que mantuvieran funcionales a los aptámeros cuando están inmovilizados.
- Todos los tratamientos basados en anticuerpos se basan en la estimulación de la respuesta inmune. Esto no sucederá con los aptámeros; por lo tanto, se necesitan enfoques más inteligentes para los tratamientos basados en aptámeros.
Los aptámeros pueden ser utilizados en las mismas plataformas de diagnóstico en las que se pueden usar los anticuerpos, por ejemplo, en pruebas basadas en flujo lateral, flujo a través, pruebas basadas en placas fluorescentes/colorimétricas, electroquímica y pruebas de qPCR. En ciertas circunstancias, los aptámeros necesitarán diferentes modificaciones en comparación con las que se utilizan para los anticuerpos para ser funcionales. Por ejemplo, los aptámeros pueden ser utilizados en pruebas basadas en flujo lateral, pero necesitan ser funcionalizados antes de ser colocados en la almohadilla de nitrocelulosa o de lo contrario no serán funcionales para unirse a su objetivo. En NeoVentures, sabemos qué química funciona mejor para esta prueba de diagnóstico, así como para todas las demás plataformas.
Un nuevo método de selección de aptámeros, Neomers, elimina los problemas clave que enfrenta el desarrollo de aptámeros observados al usar SELEX. Utiliza una combinación de nucleótidos conocidos y aleatorios que permite el uso de una biblioteca de las mismas 4.29 mil millones de secuencias para cada selección. Podemos caracterizar el nivel de unión de una molécula objetivo en todas las 4.29 mil millones de secuencias en una sola ronda de selección, seguida de un truco inteligente que empleamos para el análisis de NGS. Read more about Neomers here.
Neomers supera todos los problemas que tiene SELEX. Debido a la forma novedosa en que se diseña la biblioteca, podemos comenzar con la misma biblioteca para cada selección. Con este método, podemos tener en cuenta las secuencias que se unen a los objetivos no deseados, incluso aquellas que se unen débilmente, y eliminarlas de la lista de secuencias potenciales. Esto nos permite crear un sistema de "tolerancia inmune" in silico y eliminar cualquier secuencia que se una a un antígeno "propio".
Si tiene la capacidad para realizar la selección internamente, esta opción ofrece ahorros sustanciales en comparación con nuestro diseño tradicional de aptámeros personalizados. NeoVentures proporcionaría la biblioteca Neomer para una selección que usted completaría. Hay opción de que usted complete la preparación de NGS y la presentación de NGS, o NeoVentures puede hacerlo por un costo adicional. Después de NGS, NeoVentures analizaría los datos de la misma manera que lo hacemos para cualquiera de nuestros proyectos internos para obtener aptámeros de la más alta calidad y análisis estructural. Obtenga más información sobre nuestras opciones de licencia aquí.
Hemos seleccionado y probado aptámeros para una variedad de objetivos. Estos están disponibles para su compra para pruebas de viabilidad en varios ensayos. Además, existe la opción de obtener derechos comerciales exclusivos por una tarifa adicional.
No, creemos que nuestra competencia está con los proveedores de anticuerpos. Los proveedores de anticuerpos no asumen una posición de propiedad intelectual sobre los anticuerpos que se desarrollan personalizados para usted. Como parte de nuestro acuerdo de servicio de proveedor, proporcionamos a los clientes una licencia exclusiva, global, irrevocable y libre de regalías para los aptámeros que les proporcionamos para la aplicación prevista.
Estas respuestas tienden a estar sesgadas para favorecer a la empresa de aptámeros. Para mantener la transparencia, NeoVentures estructura los proyectos para compartir el riesgo con los clientes. Parte de la estructura de pago se basa en nuestra entrega de aptámeros que cumplan con las especificaciones acordadas. Como tal, no intentaremos desarrollar aptámeros donde consideramos que el riesgo de fracaso es demasiado alto. Nos reservamos el derecho de rechazar proyectos que consideremos demasiado riesgosos.
Sí, hemos realizado varios proyectos exitosos con células completas. Preferimos dirigirnos directamente al dominio extracelular de las proteínas transmembrana, pero esto no siempre es posible. Este es el único dominio en dichas proteínas que generalmente es soluble.
Sí, preferimos utilizar péptidos para la selección en lugar de proteínas completas. Solo usamos péptidos como guía para la selección, siempre introducimos dobles positivos con péptidos y proteínas. Además, solo utilizamos péptidos para los cuales previamente se ha demostrado que un anticuerpo también se une a la proteína completa.
- – Grandes objetivos (es decir, proteínas): Instrumento de imágenes de resonancia de plasmones superficiales (SPRi). Contamos con un instrumento Horiba OpenPlex que nos permite observar simultáneamente la unión en múltiples aptámeros inmovilizados en un chip de oro.
- – Objetivos pequeños: Calorimetría de titulación isotérmica (ITC). Contamos con un TA Instruments NanoITC.
- – Análisis de la unión de aptámeros en matriz: inmovilizamos el aptámero en resina, fluimos el objetivo a través de él y determinamos la cantidad unida mediante análisis de HPLC.
Consideramos toda la información que desarrollamos dentro de un proyecto como propiedad del cliente. Después de recibir el pago final por un proyecto, le proporcionamos tantas secuencias como desee. Con la secuenciación de próxima generación que proporcionamos, puede haber hasta treinta millones de secuencias.
Sí, para la mayoría de los objetivos, NeoVentures puede realizar pruebas en nuestros ensayos de unión para asesorar sobre un par de aptámeros que tengan la mejor probabilidad de ser un par de sandwiches exitoso. Esto típicamente solo es factible para objetivos de proteínas o péptidos grandes, ya que habrá múltiples epítopos disponibles para un par de aptámeros.
Realizamos ensayos de unión sin desnaturalizar primero los aptámeros. Esto garantiza que le proporcionemos aptámeros que no necesitan desnaturalización previa. Aprenda por qué en nuestro blog.
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