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Sugar cubes

Oui, les aptamères peuvent se lier aux molécules de sucre.

Avez-vous vu notre sondage sur LinkedIn ? Sinon, consultez-le ici !

Notre réponse à ce sondage sera courte et simple :

Les sucres sont des molécules qui ont une formule générique de CnH2nOn. Ils peuvent être décrits comme des composés polyhydroxylés contenant une liaison éther. La plupart des sucres sont optiquement actifs, et cela vient de la présence de carbones substitués de manière asymétrique dans le sucre. Dans un environnement aqueux, les cycles peuvent prendre deux formes. Lors de la formation du cycle, si le groupe hydroxy est piégé au-dessus du cycle, il sera sous forme bêta ; s'il est piégé en dessous du cycle, il sera alpha. Les deux formes interconvertissent lentement jusqu'à ce qu'un équilibre soit établi.

Nous avons essayé d'identifier des aptamères pour les monosaccharides et les disaccharides, mais nous n'avons pas réussi à identifier des aptamères qui se lient bien aux molécules de sucre. Cela pourrait être dû à l'abondance de charges négatives sur les sucres (groupes hydroxyle) et au fait que les sucres sont en flux constant entre différentes formes, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur de la forme en chaise, et que les hydroxyles tournent de sorte que la distance entre eux n'est pas constante.

Pour que la sélection des aptamères soit efficace, il doit y avoir une distance fixe entre les charges. Si les charges changent dans l'espace, alors toutes les séquences d'aptamères sont également bonnes pour se lier à elles. Si les charges sont fixées en raison des doubles liaisons dans la molécule cible, ou mieux encore, des doubles liaisons dans un anneau, alors les charges ne tournent pas et la distance entre elles est fixe. Plus l'espace de solution est défini physiquement pour une cible, plus la sélection des aptamères sera réussie.

neoaptamers
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