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Diagram of aptamer shape fluctuation

Conception des aptamères

La forme d'un aptamère est très importante pour son affinité de liaison à la cible. Cela est dû au fait que la forme lui permet de "s'adapter" à une cible, mais oriente également les nucléotides impliqués dans la liaison de manière à optimiser les interactions de liaison. Pour que les aptamères soient développés pour des produits commerciaux, ils doivent constamment être dans la forme idéale pour une liaison efficace. Cela signifie qu'une optimisation est nécessaire.

 

L'optimisation est nécessaire car, même si les aptamères sont toujours représentés dans une confirmation de forme unique, leur forme fluctue constamment à température ambiante. Cela peut créer un problème parce que si l'aptamère est dans une forme de liaison défavorable lorsqu'il entre en contact avec une cible, il ne se liera pas. Pour améliorer la liaison, l'aptamère doit être le plus souvent possible dans la forme qui permet la liaison. Nous utilisons la modélisation informatique de structures secondaires prédites en flux comme base pour la truncation et l'optimisation des aptamères. 

 

Diagram of aptamer shape fluctuation

 

Avec notre approche de modélisation in silico, nous augmentons régulièrement l'affinité et la spécificité de liaison à la cible des séquences, passant de leurs formes pleine longueur sélectionnées à des séquences plus courtes. La capacité de NeoVentures à utiliser les paysages énergétiques des aptamères pour optimiser la performance est un ingrédient crucial dans le développement d'aptamères qui peuvent être commercialisés. 

 

neoaptamers
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