Qu'est-ce qui détermine la capacité de liaison d'un aptamère?

Qu'est-ce qui détermine la capacité de liaison d'un aptamère ? Nos résultats de sondage indiquent que………

1. La nature de la cible
2. La liaison peptidique
3. L'énergie libre d'empilement des nucléotides
4. Les forces de Van der Waals

Explorons les options une par une pour déterminer la réponse correcte.

 

b) La liaison peptidique.

C'est bon de voir qu'il n'y a aucun vote pour celui-ci.

 

c) L'énergie libre d'empilement des nucléotides

Bien que les aptamères soient des molécules à brin simple, leur état de plus basse énergie est sous forme double brin. Dans les paires de bases consécutives (ADN double brin), il est nécessaire que les paires de bases s'empilent les unes sur les autres. Les aptamères formeront des tiges et des boucles avec des degrés de stabilité variables. Un facteur déterminant de la force de liaison d'un aptamère est la liaison de la cible améliorant les énergies de superposition et stabilisant la structure secondaire. Je soupçonne que c'est la force principale entre la cible et l'aptamère dans la plupart des cas.

 

d) Les forces de Van der Waals

Pour comprendre comment les forces de Van der Waals interagissent avec la liaison de l'aptamère, nous devons les séparer en deux types : celles impliquées dans l'attraction entre les bases empilées lorsque l'aptamère forme une structure tertiaire avec elle-même, et celles impliquées dans la liaison avec la cible. Comme nous l'avons expliqué précédemment, les forces de Van der Waals internes contribueront également à une énergie libre plus favorable ainsi qu'aux interactions de charge entre la cible et l'aptamère.

 

Notre réponse finale.

Alors, qu'est-ce qui détermine la capacité de liaison d'un aptamère ? La nature de la cible est fondamentale. Si vous avez une petite molécule comme cible, il y a implicitement moins de forces disponibles pour les interactions avec l'aptamère, ce qui se traduit par des affinités de liaison plus faibles. L'affinité de liaison dépend autant, voire plus, de la capacité de la cible à entrer en interactions électriques que de celle de l'aptamère.